NetBeansは、統合開発環境(IDE)です。無償のオープンソースソフトウェアです。
"NetBeans"は、基本的なJavaコンパイラを使っています（javacコマンド）。ビルドツールはApache Antを使っています。 "ImageJ"のソースファイルには、Ant用の"build.xml"が入っているくらいなので、Antを利用する"NetBeans"とは非常に相性が良いです。
Javaの統合開発環境としてはEclipseも有名ですが、こちらは独自コンパイラでコンパイルします。Antはあくまで連携できるという位置づけです。"ImageJ"のソースやプラグインのコンパイルもできますが、設定などが若干面倒です。
ちなみに、 "ImageJ"のメニュー ⇒ Plugins ⇒ Compile and Run を実行することでもコンパイルできますが、デバッグするのは大変です。やはり、ブレークポイントを設定して、ステップ実行とかしたいですよね。
などに、作成方法の手順を書きました。
プロジェクトの構築も数分でできますので、是非試してみてください。