ImageJを使い慣れてくると、自動で処理するツールを作りたくなってきます。

簡単なものならばマクロがお勧めです。

「Command Recorder」という、一連の動作（コマンド）を記録する機能があります。
コマンドの記録 ⇒ マクロの作成 ⇒ 自動実行
という流れで簡単にマクロを作成できます。

コーディングは、「タイプレスなJava」という感じです。

ImageJマクロの特徴としては以下の通りです。（こちらを参照しました）

• タイプレスな変数（配列も使える）
• 様々な演算子（使えないのは三項演算子くらい？）
• if/else、for、do/whileのステートメント
• ユーザー定義関数
• デバッグ機能（ステップ実行や変数一覧表示）

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