ImageJを使い慣れてくると、自動で処理するツールを作りたくなってきます。
簡単なものならばマクロがお勧めです。
「Command Recorder」という、一連の動作（コマンド）を記録する機能があります。
コマンドの記録 ⇒ マクロの作成 ⇒ 自動実行
という流れで簡単にマクロを作成できます。
コーディングは、「タイプレスなJava」という感じです。
ImageJマクロの特徴としては以下の通りです。（こちらを参照しました）
- タイプレスな変数（配列も使える）
- 様々な演算子（使えないのは三項演算子くらい？）
if/else、for、do/whileのステートメント- ユーザー定義関数
- デバッグ機能（ステップ実行や変数一覧表示）