作成したプラグイン（「classファイル」）、関連する「jarファイル」や「dllファイル」は、ImageJの適切なフォルダに設置する必要があります。

「classファイル」

・pluginsフォルダ

・サブフォルダでも構いません

「関連するjarファイル」：

・pluginsフォルダの直下

「関連するdllファイル」

・以下のフォルダの何れか（JDKやOSなどの環境に依存するようです）

－ ImageJ.exeがあるフォルダ

－ JAVAのシステムプロパティの「java.library.path」に設定されているパス

「Windows Embeded（Version忘れ）」にて「ImageJ.exeのフォルダ」で動かないことがありました。
また、「OracleのJDK」から「Azul SystemsのOpenJDK」変更した時は、「java.library.path」のフォルダでは動かず、「ImageJ.exeのフォルダ」で動きました。
コード上で所望の「java.library.path」を追加するのが確実かもしれません。

「java.library.path」の取得については、私の作成したIJToolsUsingOpenCVプラグインのWK_GetPropertyプラグインを参考にしてください。

ちなみに、ImageJ.exeのあるフォルダに「ImageJ.cfg」というファイルがあります。この中に、起動時の設定が書かれています。

.
jre\bin\javaw.exe
-Xmx2993m -cp ij.jar ij.ImageJ

1行目は、作業フォルダの設定
2行目は、使用するJavaの設定
（上の場合は、"ImageJ"フォルダにバンドルされたJavaを使うことを示しています）
3行目は、さまざまなオプション設定

-cpはクラスパスの設定です。ここに、jarファイルのパスを追加すれば良いような気がしますが、うまくいきません。
調べたところ、複数設定することは出来ないようです。残念。

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